Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan (BBPPTP) Medan merupakan gabungan dari 2 Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pusat Direktorat Jenderal Perkebunan Kementerian Pertanian yaitu : Balai Pengembangan dan Pengawasan Mutu Benih (BP2MB) Medan dan Balai Pengembangan Proteksi Tanaman Perkebunan (BP2TP) Sumut. BBPPTP Medan dibentuk berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 09/Permentan/OT.140/2/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan (BBPPTP) Medan.
BBPPTP Medan memiliki tugas melaksanakan pengawasan, pengembangan pengujian mutu benih, dan analisis teknis dan pengembangan proteksi tanaman perkebunan, serta pemberian bimbingan teknis penerapan sistem manajemen mutu dan laboratorium.
BBPPTP Medan mempunyai peranan strategis dalam memberikan dukungan atas produksi, produktivitas dan mutu tanaman perkebunan berkelanjutan melalui kegiatan dukungan pengujian dan pengawasan mutu benih serta penerapan teknologi proteksi tanaman perkebunan. Sebagai organisasi yang menangani masalah perbenihan dan proteksi tanaman perkebunan, BBPPTP Medan memerlukan pembenahan sistem koordinasi dan sinkronisasi yang baik dengan didukung oleh aparatur yang profesional. Sejalan dengan itu maka pembangunan aparatur negara dilakukan melalui reformasi birokrasi untuk meningkatkan profesionalisme aparatur negara dan untuk mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), yang diwujudkan melalui Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesi Nomor 11 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Perkebunan.